Históricamente el Muelle sirvió desde antes de la construcción del viejo muelle de hierro, como puerto de desembarque de corsarios y piratas, quienes se cree fundaron un cuartel de refugio y almacenamiento de armas y tesoros en donde ahora es la ciudad, y un segundo cuartel en la rada de Mizata de donde aun se conserva una argolla de hierro incrustada en las rocas la cual sujetaba el andarivel (lazos muy fuertes) para realizar las operaciones de carga y descarga.
En junio de 1,579 y en 1,586, la escuadra que comandaba el Corsario y Vicealmirante Sir Francis Drake, anclo en la rada de Mizata. En este último año el Vicealmirante inglés llego a la hacienda de Tonala, a casarse con una agraciada matrona del lugar (de quien no se sabe el nombre) la que supuestamente se trajo a vivir al puerto.

Por lo tanto, el primero y ultimo muelle fue construido por los Corsarios, el que al paso del tiempo fue patrimonio de los nativos de los alrededores y luego paso al poder de las autoridades, las que se encargaron de darle una nueva fisonomía el 24 de febrero de 1,824 cuando fue habilitado como puerto por el Congreso Federal de Centro América.

El 10 de febrero de 1,831, el mismo Congreso decretó que El Puerto estaba habilitado para comercio exterior en el litoral del Pacífico.

El 3 de mayo de 1,867 aparece publicado en el diario oficial que el señor presidente de la República, Lic. Francisco Dueñas, aprobó contrato para la construcción del muelle de hierro, contratando para dicho efecto a la firma constructora de don Eduardo Hall, quien era cónsul de gran bretaña en el país y el coronel Manuel Cano M. de origen guatemalteco.

De esta manera el primer muelle que tuvo la República fue inaugurado el 7 de octubre de 1,869.

Un año antes de cumplir el siglo, es decir en 1,968, fue reconstruido del viejo puente de hierro, reemplazándolo por otro de concreto. La compañía constructora en esta ocasión fue la "ICCA" DE LEWEBE; cometiendo las autoridades correspondientes el error de hacer un contrato solamente por el muelle parcial (puente) y dejando el galpón (parte final o caseta en donde se realizaban las operaciones de embarque y desembarque) en las mismas y malas condiciones.

El 8 de enero de 1,867, desembarcaron a las órdenes del general Gerardo Barrios la gloriosa tropa salvadoreña que venían de luchar contra el filibustero William Walker.

En el mes de julio de 1,920 un ciclón causo grandes daños al muelle, y luego el martes 28 de febrero de 1,928 la población sufrió de histerismo colectivo al destruir, el embravecido mar, parte del puerto al desbordarse sus aguas hasta el local que ocupo la comandancia de la marina nacional, contigua a ANTEL; también el temporal que azoto todo territorio nacional los primeros días del mes de junio de 1,934 destruyo gran parte de las instalaciones como también las playas.